O curso de Graduação em Engenharia Química iniciou suas atividades em Uberlândia no ano de 1965 na Escola de Engenharia de Uberlândia que passou a ser Faculdade Federal de Engenharia de Uberlândia em dezembro de 1968. Nesse ano, foi criado o departamento gestor do curso, o Departamento de Química, tendo como seu primeiro chefe o Professor Carlos Peppe. Já o Reconhecimento do Curso de Engenharia Química ocorreu em novembro de 1970, por meio do Decreto nº 67.597.

Nos primeiros anos de funcionamento do curso de Engenharia Química, uma grande dificuldade a ser vencida era o fato de que não existiam profissionais com formação qualificada na área. O primeiro professor com Graduação em Engenharia Química foi contratado no primeiro semestre de 1969, professor José de Paulo Carvalho, sendo que em dezembro deste mesmo ano aconteceu a colação de grau dos primeiros quatro formandos do curso.

Em 24 de maio de 1978, através da Lei nº 6.532, foi criada a Universidade Federal de Uberlândia (UFU), segundo o modelo de Centros Acadêmicos. A partir de 1978, a denominação Departamento de Química foi alterada para Departamento de Engenharia Química (DEENQ), estando este vinculado ao Centro de Ciências Exatas e Tecnologia (CETEC). Com a aprovação do Estatuto e do Regimento Geral da UFU, teve-se a alteração organizacional da instituição que implicou na extinção dos Centros e na formação de Unidades Acadêmicas na forma de Escolas, Faculdades e Institutos. Neste contexto, a Faculdade de Engenharia Química (FEQUI) foi criada em dezembro de 1999.

Em relação ao Programa de Pós-Graduação em Engenharia Química (PPGEQ) da FEQUI, no ano de 1994, na cidade de Uberlândia, iniciou-se o curso de Mestrado em Engenharia Química e, em 2002, o curso de Doutorado em Engenharia Química, sendo que ambos foram os primeiros cursos de Pós-Graduação em Engenharia Química do Estado de Minas Gerais. 

Com o Programa de Apoio a Planos de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais (REUNI), a Faculdade de Engenharia Química ampliou seus cursos, assim como suas instalações e corpo técnico, iniciando, no ano de 2011, as atividades do curso de Graduação em Engenharia de Alimentos na cidade de Patos de Minas, de modo que, em 2017, no mesmo município, foi iniciado também o curso de Mestrado em Engenharia de Alimentos, o primeiro nas regiões do Alto Paranaíba e Triângulo Mineiro.

Hoje, a Faculdade de Engenharia Química tem 12 Laboratórios Didáticos de Ensino de Graduação e 48 Laboratórios de Pesquisa, os quais desenvolvem pesquisas nas áreas de Cinética, Catálise, Termodinâmica e Reatores; Desenvolvimento de Processos e Produtos; Engenharia Ambiental; Engenharia Bioquímica; Modelagem, Controle e Otimização de Processos; Processos Biotecnológicos e Processos de Separação. Além disso, nos últimos anos a Faculdade empreendeu esforços para aumentar a interação com diferentes setores da sociedade, mediante a celebração de projetos ou acordos técnico-científicos.