No Laboratório de Microbiologia Aplicada são realizadas a repicagem e manipulação dos microrganismos, bem como também são realizadas as preparações e manipulações de soluções que necessitam da capela de exaustão de gases. Neste laboratório também são realizados os experimentos de produção etanol de primeira geração empregando caldo de cana  e melaço com cepas floculantes, não floculantes, processos fermentativos em baixas temperaturas e na temperatura de usina e a produção de bioetanol de primeira geração empregando caldo de sorgo sacarino em biorreatores. Também são realizados os experimentos em biolixiviação ou biossolubilização de rochas fosfáticas provenientes de resíduos de processo e de jazidas de baixo teor, empregando diferentes cepas de fungos em de biorreatores do tipo tambor rotativo. Neste laboratório tem-se também uma unidade para a avaliação da permeabilidade ao hidrogênio  das membranas produzidas. As análises para a quantificação de metais tóxicos por espectrofotômetro de absorção atômica em chama também são realizadas neste laboratório.